ولد محمد نايل أحمد شرقاوي في قرية دشلوط التابعة لمركز ديروط بمحافظة أسيوط في 2 يناير 1909م. تلقى تعليمه في كتاب القرية وأتم حفظ القرآن الكريم في الثانية عشرة من عمره ثم التحق بالمعهد الديني في أسيوط عام 1925م وحصل على الشهادة الثانوية عام 1931م وكان ترتيبه الأول على جميع المعاهد الدينية بالقطر المصري.

التحق بكلية اللغة العربية بجامعة الأزهر بالقاهرة عام 1931م وتفوق فيها حتى حصل على الشهادة العالمية عام 1935م بالرغم من كونه قد فصل منها وهو في السنة النهائية بسبب حركة الطلاب ضد شيخ الأزهر محمد الأحمدي الظواهري ثم أعيد قيده مرة أخرى بعد نجاح الحركة وأعيد الشيخ المراغي شيخا للأزهر للمرة الثانية.

في عام 1943م حصل على الشهادة العالمية (الدكتوراه) في البلاغة والأدب بدرجة ممتاز وعين مدرسا بكلية اللغة العربية بجامعة الأزهر في العام نفسه وحصل على درجة الأستاذية عام 1961م. في عام 1967 عين عميدا للكلية لمدة عامين ثم أعير للسعودية وليبيا ليكون عميدا لكليات اللغة هناك وبعد تقاعده عين أستاذا متفرغا بقسم الدراسات العليا بكلية اللغة العربية بالقاهرة من عام 1982م.

ومع ذلك لم ينس الشيخ قريته الصغيرة فقد أسس فيها معهد دشلوط الديني ليكون منارة علم لأبناء القرية.

اختير رئيسا لنادي أعضاء هيئة التدريس بجامعة الأزهر من عام 1964-1970 وفي عام 1982 عين عضوا بالمجلس الأعلى للشؤون الإسلامية كما اختير ممثلا لجامعة الأزهر في الشعبة القومية لليونسكو عام 1969م. في عام 1971م اختير عضوا للجنة وضع وصياغة الدستور وكانت له مواقف واعتراضات حينها على اعتبار الاتحاد الاشتراكي سلطة رابعة وكذلك الاعتراض على أن يكون رئيس الجمهورية رئيسا لمجلس القضاء الأعلى.

كان الشيخ نايل منذ صغره وطنيا محبا لدينه ووطنه وغيرا عليهما، ولذا التحق في بداية حياته بجمعية الشبان المسلمين إلا أنه وجد بغيته في جماعة الإخوان المسلمين صاحبة الفهم الشامل لمعاني الإسلام، واختير الشيخ نايل اختير عضوا في مجلس شورى الجماعة الثالث الذي عقد في القاهرة يوم السبت 11 من ذي الحجة 1353هـ الموافق 16 من مارس 1935م.

كانت للشيخ جهوده الكثيرة داخل الجماعة سواء في الدعوة أو الكتابة في صحف الإخوان أو إلقاء المحاضرات، أو البذل بالمال.

كان له حضوره في الجماعة مما عرضه للمحنة في عهد وزارة إبراهيم عبد الهادي وحل الجماعة حيث اعتقل مع عدد من قادة الإخوان المسلمين، وتعرض للتعذيب الشديد في قضية مقتل النقراشي إلا أن المحكمة براته مما نسب له من تهم.

كان للشيخ دور بارز في مجال كثيرة في خدمة دينه فقد كان له دور في إنشاء دار التوحيد بالطائف أثناء إعارته بالسعودية فيما بين‏1949‏ و‏1951,‏ ودوره في إنشاء الكليتين اللتين كانتا نواة لإنشاء جامعة الإمام محمد بن سعود بالرياض‏,‏ ثم إنشاء الكلية التي كانت نواة لإنشاء جامعة الملك عبدالعزيز بجدة‏,‏ ثم دوره في إنشاء الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة‏,‏ وجامعة بنغازي بليبيا‏.

تفاعل الشيخ محمد نايل مع القضايا التي تتعرض لها الأمة فقد كان له دور قوي في شحذ همم الجنود والمقاومة في حرب أكتوبر عام 1973م، حيث خرج على رأس قافلة الأزهر تلبية لدعوة الشيخ حافظ سلامة في أثناء الحصار الإسرائيلي لمدينة السويس. كما كان له موقفه الشديد من غزو صدام للكويت.

وشارك علماء الأزهر بمطالبة الفاتيكان بوقف الانحياز لليهود وذلك قبل أيام من زيارة البابا يوحنا بولس الثاني التاريخية إلى مصر يوم الخميس المقبل 24 فبراير 2000م.

كما شارك علماء الأزهر الشريف في توجيه نداء إلى السيد رئيس الجمهورية بشأن تجاوزات وزارة الثقافة المثيرة بسبب ما تنشره من كتب وروايات تهاجم الشريعة الإسلامية وتطعن في الدين وتنشر الإباحية.

توفي يوم الثلاثاء 18 صفر 1431 هـ الموافق 2 فبراير 2010م ونعاه المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين.